北京市自然科学基金委员会共受理2004年度项目申请1748项。经初审、同行专家通讯评审、学科评审组评审和委员会全体会议审定，共资助233项。其中有重大项目1项，重点项目20项，面上项目191项，预探索项目21项。按学科类别分，数理科学7项，化学与材料科学23项，工程科学19项，信息科学26项，生物科学29项，农业科学25项，医药科学77项，城建与环境科学21项，管理科学6项。
委员会全体会议审定2004年度对外合作联合资助重点项目暨北京市教委科技发展计划重点项目13项。
北京大学2004年度获得资助课题（含合作）名单如下：
工程科学
| 序号 | 项目名称 | 申请单位（合作单位） | 申请者 | 项目类别 | ||||
| 13 | 巨磁电阻传感器在电力系统中的应用研究 | 北京航空航天大学 (清华大学 北京大学) | 钱 政 | 面上项目 | ||||
信息科学
| 序号 | 项目名称 | 申请单位（合作单位） | 申请者 | 项目类别 | ||||
| 16 | 基于ECC组合公钥技术的安全体系研究 | 北京大学 | 陈钟 | 面上项目 | ||||
| 17 | 纳米管和纳米线材料构建的纳电子放大器的结构设计研究 | 北京大学 | 吴锦雷 | 面上项目 | ||||
生物科学
| 序号 | 项目名称 | 申请单位（合作单位） | 申请者 | 项目类别 |
| 6 | 应力场对干细胞源性心肌细胞兴奋－收缩偶联影响的研究 | 北京心肺血管医疗研究中心 (北京大学) | 黄益民 | 面上项目 |
| 10 | 口蹄疫病毒和猪瘟病毒重组疫苗研究 | 北京大学 | 陈建国 | 面上项目 |
| 11 | 小鼠肝脏多能干细胞定向分化的诱导 | 北京大学 | 冯仁青 | 面上项目 |
| 15 | 脂肪小体包被蛋白经蛋白酶体调节的分子机制 | 北京大学医学部 | 徐国恒 | 面上项目 |
医药科学
| 序号 | 项目名称 | 申请单位（合作单位） | 申请者 | 项目类别 | |||
| 3 | 人肝癌相关新基因(LAPTM4B)结构与功能的研究 | 北京市肿瘤防治研究所 (北京大学医学部) | 张青云 | 重点项目 | |||
| 5 | HLA-DRB1相关多肽治疗类风湿关节炎的试验研究 | 北京大学人民医院 (清华大学 首都医科大学) | 栗占国 | ||||
