国家纳米科学中心于2003年3月正式挂牌成立，路甬祥副委员长、许智宏校长等参加了揭牌仪式，，在2004年3月1日召开的国家纳米科学中心理事会上，中科院白春礼院士当选为中心主任，我校林建华副校长为中心副主任。

北京大学在纳米科学研究方面有较强的研究力量，1997年在全国高校最早成立纳米科学技术中心，研究人员来自物理、化学、电子、微电子和生物等不同学科，在纳米材料、纳米器件、纳米生物学和纳米检测技术方面做出有影响的工作。北京大学的研究人员积极参与国家纳米科学中心的建设，校科研部部长、物理学院教授朱星出任中心建设指挥部总工艺师，化学学院、物理学院、信息学院的多位教授参与中心的科研规划。我校电子显微镜实验室和核磁共振实验室被列为国家纳米科学中心协作实验室，将为国内纳米科技研究提供高水平的实验设施服务。

2004年3月5日国家发展与改革委员会副主任张晓强等考察中心工作进展，北京大学林久祥副校长、清华大学康克军副校长分别代表两校参加了考察工作。