年度北京大学理科院系的教师开展了广泛的国际合作与交流，在科研成果（SCI论文）和科研经费方面都取得了较大的成绩。国际合作的主要途径应该是中外学者之间的学术访问和交流。这种合作更多地是通过学者之间的联系。从2000年至2004年，北京大学教师在Nature和Science期刊上发表的论文，绝大部分是与国外学者合作发表的。这说明国际合作促进了高水平论文的发表，或者说国际合作促进了高水平研究成果的产生。在2003年，北京大学理科发表的SCI国际合作论文125篇，占全部SCI论文的12％，这个数字与我国的国际合作论文的比例相同。比较2002年和2003年的国际合作论文，高影响因子论文的比例有所提高。如果按院系比较来看，地空学院和心理系的国际合作论文比重最大。但是学科的不同对于国家间的合作具有一定的影响。从联合发表的论文数量来看，国际合作的国家主要是美国，其次是日本。其中与美国合作发表的论文超过与欧洲国家合作发表论文的总和。2004年国际合作经费共1156万元，其中外资企业或机构是国际合作经费的主要来源，约占77％。其它国际合作经费是来自科技部和教育部的国内经费，约占23％。国际合作另一个表现是国际学术会议。在2004年，由北京大学理科主持召开了13个国际会议。其中会议代表达到百人以上的会议有6个。国际会议对于提高北京大学的国际声誉具有重要的作用。同时，能够主持召开国际学术会议也说明了北大教授在学术上具有一定的地位，得到了国际同行的认可。