2005年3月17日至4月1日对数理领域国家和部门重点实验室进行现场评估工作，提出以下几方面问题进行研究探讨：

1.        如何处理实验室自身取得高水平研究成果与实验室适度对外开放的关系。本次评价指标体系要考核实验室自身研究的成果，又考核实验室对外开放的情况，这在一定程度上影响了实验室组织高水平、有深度的开放课题。从现场评估了解的情况看，几乎所有的实验室都设有许多开放课题或对外开放实验设备，但很少有既促进获得开放课题单位的研究、又促进实验室自身研究发展的事例或工作。

2.        对重点实验室应成为或具有国家层面研究公共平台功能的要求，很多实验室在这方面作用与功能显然达不到要求。这与实验室现阶段拥有设备的属性、运转的水平、性能及专用性和研究方向的设置以及国家的整体布局相关。现在实验室拥有的设备及运转效能，尚不能形成作为公共平台的基本条件和功能，某种程度上存有一定程度的重复建设。从实验室拥有设备的数量和价值总额看，现有实验室拥有的数量和价值还是比较高的。但从实验设备运转、使用效率看，还有较大幅度提高的余地和空间。从实验技术方法的研究和发展能力看，总体上感到这方面的能力呈下降或减弱趋势，特别是实验技术队伍明显减弱和不足，需要采取有主动性的措施，加强实验技术能力的提高，否则对需依赖实验推动发展的物理学来说，我们要做出创新性工作则无基础，成为无本之木、无源之水。而物理学发展起来的实验技术和仪器设备，又是其他学科发展的基础和手段。譬如，目前得到广泛使用的电子显微镜、CT扫描成像技术、各种色谱仪、激光技术等等，都是物理学发展起来的。在今后的评价指标里，建议增加对实验室在实验设备研制、开发能力的评价指标。

3.        有些实验室在研究方向上还存在过于分散现象，需要进一步整合和凝练。这里也涉及到实验室如何考虑本实验室重点发展与自由探索的关系。相对而言，高等院校拥有的实验室设置的研究方向比较多，这与高等院校的特点密切相关。

4.        如何看待评价实验室的研究方向和定位。从现有情况看，实验室的定位缺乏整体考虑，存在一定程度、一定内容的重复，研究特色和优势不够突出。与目前各实验室根据自己已有的基础，结合国内外学科发展情况和本单位发展的需求，主要依赖于实验室自身进行定位有关，缺乏顶层设计。评估过程中，限于评估的主要要求和国内的现状，一般来说，专家组对实验室提出的定位和研究方向基本给予肯定，即使提出一些意见，也是属于原则性的建议，不便明确提出不同的看法和建议。这需要从国家层面进行部署和调整。

5.        根据科技部对实验室评估的要求和部署，需对参评实验室进行排序，并对位于排序末位的实验室采取某种"惩罚性"措施，这从整体上看是很有必要的，对实验室的建设和发展起到很大的推动和促进作用。但从这次数理科学领域参评的实验室的情况和水平看，实验室研究成果和研究队伍、具有的实验设备都是比较好的，而且由于只有8个实验室，分布在不同的研究领域，发挥着重要和特殊的作用，若采用硬性指标式的排序和"末位惩罚"法，这可能不符合实验室的实际情况，既达不到实验室评估的初衷，也不利于数理科学的发展，也与这些实验室的实际情况和发展情况不相适应，可能会对这些实验室的发展造成副作用。建议主管部门针对这次数理领域参评实验室的实际情况，对位于末位的实验室不予采取"惩罚性"措施。

数理领域参评实验室清单