| 序号 | 实验室名称 | 负责人 | 挂靠/依托单位 |
| 1 | 中俄数学中心 | 张继平 | 数学科学学院 |
| 2 | 北京大学科学与工程计算中心 | 李若 | 数学科学学院 |
| 3 | 北京大学轻元素先进材料研究中心 | 江颖 | 物理学院 |
| 4 | 北京大学-中国科学院上海天文台联合天体物理研究中心 | Luis Chi Ho（何子山） | 物理学院 |
| 5 | 北京大学应用磁学中心 | 杨金波 | 物理学院 |
| 6 | 北京核科学中心 | 叶沿林 | 物理学院 |
| 7 | 北京射频超导联合中心 | 陈佳洱 | 物理学院 |
| 8 | 北京大学宽禁带半导体研究中心 | 沈波 | 物理学院 |
| 9 | 中国科学院-北京大学超快光科学与激光物理联合中心 | 刘运全 | 物理学院 |
| 10 | 北京大学高能物理研究中心 | 高原宁 | 物理学院 |
| 11 | 北京大学聚变物理与技术研究中心 | 肖池阶 | 物理学院 |
| 12 | 北京大学应用超导研究中心 | 甘子钊 | 物理学院 |
| 13 | 北京大学-中科院近代物理研究所联合核科学中心 | 许甫荣 | 物理学院 |
| 14 | 北京大学稀土与锕系元素前沿交叉研究中心 | 严纯华 | 化学与分子工程学院 |
| 15 | 北京大学现代食品研究中心 | 赵美萍 | 化学与分子工程学院 |
| 16 | 北京大学生物信息中心 | 陶乐天 | 生命科学学院 |
| 17 | 北京大学自然保护与社会发展研究中心 | 吕植 | 生命科学学院 |
| 18 | 北京大学基因组编辑研究中心 | 魏文胜 | 生命科学学院 |
| 19 | 北京大学蛋白质科学中心 | 昌增益 | 生命科学学院 |
| 20 | 北京大学中白基础科学研究中心 | 宋艳 | 生命科学学院 |
| 21 | 北京大学城市规划设计中心 | 林坚 | 城市与环境学院 |
| 22 | 北京大学不动产研究鉴定中心 | 冯长春 | 城市与环境学院 |
| 23 | 北京大学世界遗产研究中心 | 陈耀华 | 城市与环境学院 |
| 24 | 北京大学地理科学研究中心 | 李双成 | 城市与环境学院 |
| 25 | 北京大学未来城市研究中心 | 曹广忠 | 城市与环境学院 |
| 26 | 北京大学-林肯研究院城市发展与土地政策研究中心 | 刘志 | 城市与环境学院 |
| 27 | 北京大学行星与空间科学研究中心 | 宗秋刚 | 地球与空间科学学院 |
| 28 | 高校联合遥感应用研究中心 | 杜世宏 | 地球与空间科学学院 |
| 29 | 北京大学石油与天然气研究中心 | 金之钧 | 地球与空间科学学院 |
| 30 | 北京大学－中国地震局现代地震科学技术研究中心 | 宁杰远 | 地球与空间科学学院 |
| 31 | 北京大学地质博物馆 | 郝维城 | 地球与空间科学学院 |
| 32 | 北京大学人工智能地球科学中心 | 马坚伟 | 地球与空间科学学院 |
| 33 | 北京大学地外样品研究中心 | 沈冰 | 地球与空间科学学院 |
| 34 | 北京大学数据空间技术与系统研究中心 | 黄罡 | 计算机学院 |
| 35 | 北京大学文理大数据研究中心 | 王腾蛟 | 计算机学院 |
| 36 | 北京大学高能效计算与应用中心 | 罗国杰 | 计算机学院 |
| 37 | 北京大学有源显示研究中心 | *** | 集成电路学院 |
| 38 | 北京大学多项目晶片研究中心 | *** | 集成电路学院 |
| 39 | 北京大学言语听觉研究中心 | 吴玺宏 | 智能学院 |
| 40 | 北京大学中国文字字体设计与研究中心 | 郭宗明 | 王选计算机研究所 |
| 41 | 北京大学清洁能源研究院 | 邹如强 | 力学与工程科学学院 |
| 42 | 北京大学科技成果转化研究中心 | 姚卫浩 | 力学与工程科学学院 |
| 43 | 北京大学工业软件研究中心 | 刘谋斌 | 力学与工程科学学院 |
| 44 | 北京大学系统与控制研究中心 | 王龙 | 先进制造与机器人学院 |
| 45 | 北京大学机器人研究中心 | 段慧玲 | 先进制造与机器人学院 |
| 46 | 北京大学康复工程研究中心 | 王启宁 | 先进制造与机器人学院 |
| 47 | 北京大学生命健康材料研究中心 | 郑玉峰 | 材料科学与工程学院 |
| 48 | 北京大学国际全景数字生命研究中心 | 陈良怡 | 未来技术学院 |
| 49 | 北京大学环境工程研究所 | 倪晋仁 | 环境科学与工程学院 |
| 50 | 北京大学亚洲季风区可持续发展集成研究中心 | 张世秋 | 环境科学与工程学院 |
| 51 | 北京大学纳米科学与技术研究中心 | 彭海琳 | 前沿交叉院 |
| 52 | 北京大学环境健康研究中心 | 郑玫 | 前沿交叉院 |
| 53 | 北京大学科学史与科学哲学中心 | 张大庆 | 前沿交叉院 |
| 54 | 北京大学大数据科学研究中心 | 鄂维南 | 前沿交叉院 |
| 55 | 北京大学睡眠研究中心 | 韩芳 | 前沿交叉院 |
| 56 | 北京大学新农村发展研究院 | 黄季焜 | 现代农学院 |
| 57 | 北京大学特拉维夫大学粮食安全联合研究中心 | 邓兴旺 | 现代农学院 |
| 58 | 北京大学中国农业政策研究中心 | 王金霞 | 现代农学院 |
| 59 | 北京大学—悉尼大学食物安全和农业可持续发展联合中心 | 刘承芳 | 现代农学院 |
